后世提及蔡邕，除了赞叹一声他有一个十分出名的女儿蔡文姬外，还对蔡邕的死感到莫大的遗憾。虽然在《三国演义》中曾提及，蔡邕在听闻祸乱朝纲的董卓去世后，竟然不顾旁人的看法，趴在董卓的尸体上放声大哭，因此被人认为是董卓的余党，后来他被王允下令诛杀。在《后汉书》中，蔡邕得知董卓去世后的状态有两种，一种说的是蔡邕在得知董卓去世后，叹了口气，另一种说的则是蔡邕不仅感叹，而且神色有异。不管怎么说，蔡邕在得知董卓去世的消息后，还是当众出现过神色或者举止的异常。

但即便如此，也不能说明蔡邕与董卓之间有多大的关系。虽然董卓在掌控朝廷之后，曾为了给自己造势，重用了一批颇有名声的名士，而蔡邕就是当中的一人。但实际上，蔡邕是被董卓强招入宫，刚入宫时，蔡邕为祭酒，三日之内，历任侍御史、治书侍御史、尚书、侍中和左中郎将等职，还被封为高阳乡侯。但蔡邕并不喜虚名，反而对董卓颇为厌恶，是董卓以蔡邕家人性命相要挟，才迫使蔡邕入朝为官。因此董卓对蔡邕并没有知遇之恩。

正因为两人之间并无关系，因此蔡邕绝不会做出趴在董卓尸体上痛哭这等事情来。而蔡邕当时发出一声叹息，或许是在感慨这样一位恶人竟然真得就这样被诛杀了，是一种下意识的行为，王允却因为蔡邕的这个反应而将蔡邕置于死地，是王允个人的情绪与思想在作祟。

王允之所以要设法诛杀蔡邕，就是因为蔡邕是当时的大家。蔡邕精通音律，才华横溢，除了通经史、善辞赋之外，又精于书法、擅篆、隶书，尤以隶书造诣最深，再加上蔡邕在入朝为官后身处高位，只怕去世后将名留青史。相比之下，王允虽然参与诛杀董卓的活动，但在其他方面他完全不是蔡邕的对手。毕竟但凡出类拔萃的文人，暗中都是相互记恨的。而正因为王允处处不如蔡邕，才会想方设法地给蔡邕设下罪名，并想方设法地将其处死。

笔者认为，王允当时处死蔡邕，完全是出于一己之私，毕竟王允给蔡邕安插的罪名，明眼人一看就知晓是在给蔡邕泼脏水。即便当时蔡邕没有发出一声叹息，脸上也没有什么神色的变化，王允也一定会以其他事情为由，将蔡邕处死。