许多封建统治者在夺取最高权力之前，都曾利用过谶纬预言为自己制造舆论。当他们登基之后，地位发生了颠倒性的变化，对谶纬的态度也随即根本改变，变为防止别人利用谶纬颠覆自己。晋武帝于泰始三年下诏“禁星气、谶纬之学”，开创了禁谶纬天文著作的先例。由此开始，六朝时期屡禁谶纬。前秦符坚在禁谶纬的同时，还禁《老》《庄》，严厉之极，明令“犯者弃市”。道教尊崇《老》《庄》，吸收了星气、谶纬之学。在上述一次又一次的严禁之中，包含有谶纬内容的道经受到株连亦不足为奇。

商鞅“燔《诗》《书》”，秦始皇“焚书坑儒”，刘邦沿袭“挟书”律，中国封建制度下的文化禁锢政策渊源有自。这一政策对道经亦不例外。在中国历史上，曾有过多次中央政府或割据政权支持编修《道藏》的文化德政。必须看到，这些德政是以维护封建统治为前提的。一旦违背了这个前提，或者仅仅被怀疑有违背这个前提的可能性，统治阶级即会毫不手软地向道经开刀，将禁毁图书的紧箍咒对着道经念上一念。

与黄巾起义几乎同时，张鲁利用另一原始道教天师道教化巴蜀近三十年。张鲁传《老子想尔注》，令教民诵习。从今存《老子想尔注》半部残卷中倒是看不到反映农民思想的内容，况且张鲁最后降曹，因而天师道的命运要比太平道好得多，且一直延续至今。但魏晋时期天师道因为诸多原因出现了分化，一部分转变为贵族道教，一部分仍在民间，沦为“淫祀”。由于原始道教具有反叛性格，故而承继东汉的三国和两晋政权，无不对原始道教时时防范。魏武帝曹操、魏文帝曹丕、晋武帝司马炎等均数次废禁“淫祀”，曹丕甚至禁祀老子。虽然至今没有发现魏晋统治者颁布的禁毁《老子想尔注》的命令，但可以推断《老子想尔注》等原始道经不为统治阶级所欢迎。明《道藏》未收《老子想尔注》，《老子想尔注》多亏敦煌遗经才保存下来。

另一被禁的道教知名经典为《三皇经》。《三皇经》在六朝时期流传很广，卷数和种数都相当可观，为三洞之一。唐朝尊崇道教，但唐太宗曾下令禁废《三皇经》。原因是经中的图谶宣扬诸侯可以成皇帝、妇女可以成皇后。唐太宗担心这种图谶会诱导、鼓励王侯将帅重臣觊觎皇位的政治野心，威胁李家统治。贞观二十年（646年），曾在礼部尚书厅前集中烧毁过一次《三皇经》。

隋朝末年，道士制造了许多改朝换代的谶纬符命，矛头直指隋朝统治者。在各种谶纬中，李氏代杨的预言流传最广，影响最大，对唐朝的建立起到重要作用。包括道士王远知在内的许多人，都曾利用李氏代杨的谶语力劝李渊起兵反隋，劝导隋朝将士和各路反隋豪杰归顺李渊，而且李世民自己也曾敦促父亲李渊顺应谶纬预言，打起反隋的义旗。唐太宗对谶纬的作用一清二楚，但出于维护本身阶层利益的考虑，他仍然对谶纬采取了双重标准。《三皇经》受到唐太宗禁毁后，损失惨重，今只有少量残卷侥幸保留下来。

宋王朝近一步扩大了禁书的范围。天文、图纬、谶候、推步、阴阳诸类禁书中，难免会有一些道经的影子。现存的有价值的道经，大都历经磨难，十分珍贵。它们能够逃脱一次又一次的磨难，流传至今，有赖于各种必然的和偶然的因素。道教徒的精心甚至舍命保护是其中一条重要的原因。

另外，道教徒在编制经书时，晦涩其文，使用隐语，也使一些“犯禁”的道经免遭文祸。但需要认识到的是，如此传经手法的副作用也很大，造成这些道经传到后世人皆不识的局面。这也恰恰符合了道教所倡导的阴阳两面哲学观念。