万历十五年，杨应龙怀疑妻子张氏与人私通，醉酒后，小妾田雌凤重提此事，并不断挑唆，杨应龙遂杀死张氏及其娘家人。张氏家人、张氏族叔张时照及何恩、宋世臣等人到京上告杨应龙谋反。

万历十八年,贵州巡抚叶梦熊上疏陈述杨应龙所犯下的罪恶，并弹劾四川军道副使朱运昌包庇纵容杨应龙，不追究问罪杨应龙的过失；同时巡按御吏陈赫也上书历数杨应龙的十二项大罪及杨应龙维护凶恶阻止勘察的过失；而四川抚臣李尚思则上疏讨论如何防守松潘少数民族地区，希望播州地区派遣土兵协同防守。四川按臣李化龙则上书建议暂免对于李化龙的处罚问责，等待松潘地区稳定后再行议处。最终部委讨论，做出杨应龙革职，戴罪立功前往松潘平叛、朱运昌罚俸的处罚。

万历十九年，议论如何处置杨应龙的问题，叶梦熊与李化龙再次意见相左。叶梦熊认为应该对播州所辖五司进行改土归流，用重庆进行管理，李化龙坚决反对。议处结果要求对于杨应龙的处置以及改土归流的事情从长计议，处置再次无果而终。

万历二十年，朝廷再次议处杨应龙过失，建议贵州、四川联合问责杨应龙罪过。杨应龙表示只愿到四川接受处理。十二月，杨应龙到达重庆接受询问，按律杨应龙要被处死，应龙请求用白银两万两赎罪免死，并主动请求带领播州土兵五千人前往战场抵抗倭寇入侵，以恕罪责。后因故未成行，四川巡抚王继光认为杨应龙罪行未除，准备严惩杨应龙，应龙抗命。

万历二十一年，四川巡抚王继光上疏提出杨应龙不服堪问，私造各式兵器；贵州抚臣也上奏称杨应龙招集生苗四处掠夺，气焰嚣张。神宗认为既然杨应龙不愿意认罪，就不能继续姑息养奸，巡抚按官可以便宜行事将杨应龙擒获就地正法，要求不牵连无辜。四川巡抚王继光、总兵刘承嗣兵分三路攻打播州，大军行至娄山关杨应龙诈降，诱军深入，大败刘承嗣，明朝军队死伤过半，官军撤退。对于杨应龙出兵对抗，明朝廷大为震惊，对参战的战败官员均进行了处罚。对于是该剿还是该抚，朝中各大臣看法不一，四川新抚谭希忠与贵州官员主张再次对杨应龙进行征剿，而御史薛继茂则认为应该进行招抚。最终，出于国力衰弱和四处战争以及杨应龙到处出银疏通的关系，明朝廷决定改变策略，以招抚为主。

万历二十二年，兵部侍郎刑玠督管贵州事务。二十三年，刑玠到四川，派遣重庆知府王士琦到綦江勘定杨应龙的罪过，而此时杨应龙在松潘等待听勘，便派弟弟兆龙到安稳拜见王士琦，言明杨应龙在松坎等待定罪，因害怕被安稳的仇家报复，恳求王士琦到松坎定罪。王士琦只身前往松坎，杨应龙跪在路旁认错，乞求献罚金与反叛者为自己抵罪，经请示刑玠允许。对杨应龙作出相应处罚：一是在重庆将黄元等十二人斩首以抵杨应龙死罪；二是处罚杨应龙四万罚金用于开采楠木；三是将杨应龙革职，其子杨朝栋承袭杨应龙土司职务；四是次子杨可栋留在重庆府作为人质以敦促杨应龙缴纳罚金；五是为安抚杨应龙，在松潘设置同知一职由杨应龙担任，并任命王士琦为川东兵备副使以震慑杨应龙。

万历二十四年，杨可栋在重庆莫名地死亡，杨应龙索要可栋尸体，重庆方面要求杨应龙缴纳罚金后方归还其子尸体。为此，杨应龙对于明王朝的仇恨益发加深，他带领重兵和千余僧人前去重庆招魂，并强调可栋死而复活，自然缴纳罚金。此后杨应龙对播州境内各处关口进行重兵把守，用重金安抚境内的苗族各支系，挑选身体健壮的组成“硬手”，掠夺境内殷实的家户供养苗族，境内多数苗族都积极拥护杨应龙。同时杨应龙对余庆、大阡、都坝、草塘等地及兴隆、都匀等卫所进行了烧杀劫掠，又派重兵围攻黄平，杀戮重安长官全家，杨应龙反明的气焰也日益高涨。

万历二十五年，杨应龙对四川的江津、南川、合江等地进行抢劫掳掠，杀害仇家袁子升；恰逢王士琦在抗倭前线，便攻打了贵州洪头、高坪、新村等地；又侵犯湖广四十八屯，封锁相关驿站。后又攻破偏桥卫，对仇家宋世臣、罗承恩及其父母妻女进行残暴杀害。

万历二十七年，贵州巡抚江东之命令都司杨国柱率领部卒三千人征剿杨应龙，杨应龙再次诈降并全灭杨国柱军队，杨国柱战死。江东之被免职，以郭子章代替其职位，起用李化龙节制四川、湖南、贵州三省军队征讨应龙，并调回东征将领刘綎、麻贵、陈璘、董一元等一同征讨。杨应龙趁军队未至，綦江城空虚，攻陷綦江。此时，杨应龙又得九股生苗及黑脚苗帮助，遂屯兵官坝，窥伺四川，并焚烧桥梁驿道，阻断湖南、贵州之间的道路。

万历二十八年，杨应龙分兵五道攻破龙泉司。时值总督李化龙驻守在重庆，征集军队24万，官兵占三分之一，土司兵占七分之一，分兵八路，于二月十二誓师征讨杨应龙。李华龙的军队一路连克桑木、乌江、河渡、天都、三百落、养马城，龙爪等关隘，历时百日，兵压海龙囤。六月六日，海龙囤攻破，杨应龙见大势已去，遂自焚身亡，李化龙军队擒获杨朝栋、杨兆龙等百人。随杨应龙身亡，统辖播州八百多年的杨氏结束统治，播州杨氏土司退出历史舞台。