孔融被杀有多个层面的原因，并不是一个简单的事情。至于孝顺与否，只是找个借口而已，并不重要。正所谓欲加之罪，何患无辞，说的就是他这种情况。

首先是孔融出身世家大族，在东汉这种世家首先是指有经学传统的家族，而不是说世代为官就算是世家了。孔融是孔子后裔，又少年成名，早早得到杨修的父亲杨彪的品题，所以早早就名满海内了。

曹操虽然出身官宦家庭，父亲曹嵩曾任太尉，但曹嵩是中常侍曹腾的养子，所以在当时人眼里，曹操虽然出身高官家庭，但是世家大族仍然是看不起他的，把他视为政治暴发户出身。这也就是所谓的曹操身负世俗之讥的意思。

曹操早期还未剪灭群雄的时候，对世家大族和清流总体上还是比较容忍的，一方面是因为他还要收买人心，不能杀孔融这种海内名士，甚至连清流祢衡对他的百般刺讥也只能容忍，最后把他送给刘表，让刘表去收拾，他自己也不愿意动手。

另一方面也是因为，曹操在当时诸侯争霸的战争中该没有取得绝对优势，他控制区域内的世家大族仍然在观网风向，对他还没有完全心服口服，所以他不但对孔融这种士族领袖加以容忍，而且必须遵礼有加。

孔融在当时名气大到了什么程度呢？董卓专政的时候，他就经常嘲讽董卓，但董卓也没有对孔融下杀手，而是把他派去担任北海相，北海当时黄巾军仍然比较猖獗，董卓这就是想投之死地，借刀杀人，也不肯自己动手。因为他同样需要笼络世家大族。

孔融担任北海相之后，虽然也做了很多努力，但他显然不是经济之才，所以黄巾军打过来的时候，他也打不过，很快就被包围了。他没有能力解围，只能派手下的太史慈向附近的刘备求援。而刘备得到孔融的求援消息后，第一反应是非常高兴的说，孔融居然知道我刘备？！

孔融和曹操的另一个区别是，孔融虽然有很多奇谈怪论乃至歪理邪说，但他大体上仍然是一个儒家信徒，而曹操身上来的更多的则是法家。虽然曹操也懂儒家，但基本上是外儒而内法，在为人处事的方式上更接近法家。

曹操也把孔融视为并没有什么实际能力的清谈名士而已，表面上尊重，实际上是看不起的。这个刘备后来攻占益州之后对待许靖的态度其实也是一样的，即便是看不起，也仍然要待以高官厚禄。但孔融并不知趣，反而经常当面让曹操难堪。

孔融和曹操还有一个很重要的区别是，曹操把汉献帝迎奉许都之后，虽然孔融也在曹操控制下的汉朝朝廷做官，但孔融自视为汉朝的臣子，而不是曹操的部属。尤其是曹操越来越把汉朝朝廷不放在眼里之后，孔融对他也越来越不满。

变化发生在曹操彻底消灭袁绍势力之后。袁绍在当时其实是最得世家大族信任的势力，即便是有些人在曹操的势力范围内生活乃至做官，他们内心也仍然把袁绍视为更能代表士族利益的政治势力。所以，当袁绍还在的时候，曹操对这些人都还是容忍的，而当袁绍也被消灭之后，曹操成为最大的政治集团，当然也就无需再继续容忍这些人了。

因此，罗织罪名杀孔融对曹操本身来说，也是一个很重要的政治行为，意味着他对世家大族的态度的完全变化，这时候世家大族要么像其他的所谓海内名士如王朗，华歆等人一样，明确的倒向曹操，要么就只能被曹操清理出去。杀孔融就是要这些人表态。

比如司马懿，曹操其实早就已经派人请他出仕了，但他还是在观网风向，“不欲屈节曹氏”，而当袁绍呗消灭之后，曹操再次征辟，他马上就出仕了。这也可以说明，司马懿在这之前也认为曹操并没有必胜的把握，袁绍还是有机会翻盘，所以仍然在观望成败一直到袁绍已死，袁绍势力被消灭，他才终于决定出仕曹操。