袁崇焕下狱后，先是被关在锦衣卫北镇抚司，后因祖大寿东溃，待遇变好，转移到刑部。崇祯命锦衣卫都指挥刘侨负责查办此案。刘侨奉命之后，先提审原兵部尚书王洽，王洽把他和袁崇焕往来书信一齐交出，但矢口否认和袁崇焕同谋斩杀毛文龙及同后金议和的罪名。刘侨转而审问袁崇焕，袁崇焕倒很痛快，把干系都一人担了下来，说和王洽无关。

袁崇焕交代，斩帅一事，是钱龙锡和王洽频频写书信给他，就如何处理毛文龙交换意见，他认为如果毛文龙能乖乖的接受节制，一切好说，如果拒不接受，他会使用断然措施，后来在双岛用尚方剑杀毛文龙是他一人所为，与钱王二人无关。至于与后金议和，是他主动与钱王二人商议，而二人并未明确同意。

汉语文化，博大精深，有些词汇沿用千年至今，但古今意义却大不相同。比如“锻炼”是现在人们经常怪在嘴上的一个词语。吃饱喝足，出去锻炼锻炼，意指活动身体。但在古代，锻炼却另有所指，它和活动身体毫不相关，而是和案件有关，往往又是冤案。是指一个人本来无罪，但有些人出于某种需要，多方捏造、罗织罪名，把无罪变为有罪的这么一个过程。就像铁匠打铁，无论多么坚硬的钢铁，在熊熊烈焰之下，经铁匠高举数十斤的铁锤狠命打砸，终会软化成型。

袁崇焕案就是如此，中间出现了诸多蹊跷诡异之事。崇祯二年腊月初十，袁崇焕被逮后第十天，巡城御史史范拿住一人，据称是山西人张思栋，随身暗带火刀火石潜入京师粮仓，行迹甚是可疑。经审讯，供称是受袁崇焕家人周彪指使，因家主被拿，心怀不忿，身带引火之物潜入粮仓重地，意图纵火烧粮。负责掌管粮仓的仓场尚书孙居相上报朝廷，崇祯命锦衣卫严加审问，务得真情。

又一天，京师巡捕营抓住一名木工，报称是袁崇焕派来的奸细，崇祯传旨命严加打问，巡捕营将这名木工奸细奉旨移交锦衣卫。锦衣卫指挥李若琏负责审问。李若琏是崇祯元年的武进士，在初步了解案情之后，感到不解。问原来捉拿住木工的巡捕营人员说“袁崇焕原先督师辽东，他在北京照例有常驻办事的差官，怎么用一名木匠作为奸细？”巡捕营一口咬定，木匠就是奸细。于是，李若琏亲自提审，木匠招供“袁督师修盖衙门，戴方巾，穿白绫袍。知我常在京中，遂差打听京中有多少人马。欲起手反叛”。

李若琏还是不信，再三询问，并说只要他如实招来。就不用刑。木匠的精神瞬间奔溃，嚎啕大哭，说他本是山西人，在北京做木工，从未到过辽东，更没有见过什么圆督师、扁督师，大街之上，无端被巡捕营缉拿，并交代他如此这般讲述，如敢违抗，立时用夹棍夹死。

李若琏记录下来，如实上报。崇祯传旨，让刘侨复审，刘侨审问之后，很快上报说木匠确属奸细。几天之后，木匠被处决。李若琏因失察之罪，降两级，赶出锦衣卫回原来所在卫所。虽然被处分，李若琏却不在乎，说他不能用无辜性命博取官职。几年后，又被召回锦衣卫，崇祯十七年，死于李自成入京。

几天后，江西道御史曹永祚据称拿住七名奸细，为首的叫刘文瑞。供称是奉袁崇焕之命，持其亲笔信要交与后金，约定里应外合，打破北京城。第二天，崇祯命众文武进行会审，上午辰时（7-9点）大臣们聚集朝堂，左等右等，也不见那七位奸细，后来听说七人早已逃脱。众人纷纷惊异不已，试想锦衣卫衙门是什么所在？别说区区七名奸细，就是七十名、七百名也插翅难逃难。其中究竟有何奥妙，不得而知。

袁崇焕平台被拿，三天之后即有祖大寿之变，朝野震惊。崇祯皇帝大失面子。待到四城收复，后金军完全退出内地，局势才正式稳定下来。期间兵戈扰攘，危机重重，在辽军二次入关勤王之后，袁崇焕好像已经被人遗忘。好像都在等待最后的裁决，而紫禁城中的崇祯皇帝也在等待。

在辽东关外，不断有官绅军民来到山海关求见孙承宗，联名上书为袁崇焕申雪冤枉，辽军将领，自祖大寿开始，纷纷请求用自己的官爵为袁崇焕赎罪。孙承宗好言安慰，说皇上明照万里，自有圣裁，尔等勿忧。北京城中，万马齐喑，朝中并没有什么重臣为袁崇焕保本。倒有几位小人物冒死上书。有一位身份不详的何之璧，带着全家四十多口跪在皇城前请愿，自愿以全家性命为袁崇焕坐牢。

崇祯二年十二月，袁崇焕的门客布衣程本直，上书崇祯，力陈袁崇焕身遭不白之冤，请求皇帝按照处理宣府总兵侯世禄的例子，释放袁崇焕出狱，责其戴罪立功。在最后，程本直说他与袁崇焕生平意气，豪杰相许。崇焕冤死，义不独生。请求崇祯和袁崇焕一齐斩于闹市。则袁崇焕不失为忠，程本直不失为义。他与袁崇焕虽然蒙冤地下，但含笑有余荣矣！

程本直不知何许人也，自称布衣，想必没有功名。在袁崇焕声名鹊起之后，仰慕其名，前去相投，袁崇焕开始三次都避而不见，后被他的诚意感动，收为门客。收复四城，虽说是各路援兵共同作战，但祖大寿、马世龙统率的五万辽军是绝对主力，明朝其他部队只是配合作战，天下有目共睹。随后，宫中传出消息，说崇祯得知辽军浴血奋战，一举收复四城，大为高兴，对身边人讲“看来守辽还是非袁蛮子不可”！此言一出，朝野纷纷猜测，似乎袁崇焕的命运又有了转机。