据文献记载，瞿昙寺始建于明太祖洪武年间，创寺的开山僧为三罗喇嘛。三罗喇嘛原为西藏山南洛扎卓陇的一名僧侣，名桑儿加查实，后于青海湖湖心山修行得道，受到环湖及敦煌一带罕东卫藏族诸部的尊崇，被誉为“大成就者三罗喇嘛”或“白象骑士”。三罗喇嘛在地方上博得声誉，同时也受到朝廷的青睐。 洪武二十六年(1393)，当时河套蒙古族进入青海，而居住在环湖地区的一些藏族部落不堪其扰，后来在三罗喇嘛的带领下东迁至乐都，于现在的寺址上建起一座小佛堂。随后，三罗喇嘛又向明廷贡马，以表归顺之心并请求明廷的“护持”。明太祖朱元璋赐“瞿县寺”，并赐金书匾额一块，是为瞿昙寺最早的建筑一瞿昙寺殿。 后来，明政府又设立西宁僧纲司，以三罗喇嘛为都纲，主管西宁卫带宗教事务， 管理十三族。永乐初，明廷派太监孟继指挥使田选等协助瞿县寺扩建殿字，先后建成宝光三世殿以殿、金刚殿、前山门、护法殿、立敕及前院回廊。永乐六年(1408)谕碑通，对寺院以皇谕的形式加以保护。明宣宗朱瞻基即位后，亦因循先制， “兹于瞿县寺继作后殿，循先志增益闳规”。于宣德二年(1427) ，建成瞿县寺内规制最为宏阔的隆国殿，并立敕谕碑两通。

说道隆国殿的建成，不得不说说建文帝了。话说，当初朱棣杀到皇城的时候，皇宫中发生了一场大火，大火过后，朱允炆那是下落不明，活不见人，死不见尸。关于朱允炆到底去了哪里，历史学界流传着好几种说法。一种说，朱允炆眼见大势已去，于是命人放火，自己带着马氏皇后一起跳火自焚了。一种说他没死，是逃到了民间，在深山里隐居。还有一种说法是他坐船逃到了东南亚，郑和下西洋就是去寻找建文帝朱允炆的下落的。还有一种，证据颇多，那就是逃到青海省瞿昙寺做了喇嘛修行了。

据专家考究，建文帝-朱允炆最后是逃到了青海省海东市乐都区南山的一处藏传佛教寺院内修行去了。明朝都城南京离青海省距离非常遥远，朱允炆怎么会跑到那么远的地方归隐呢？其实，当时永乐皇帝对朱允炆没死的传闻一直很是担心，派人全国各地的寻找朱允炆的下落，但是一直没有消息。此间朱允炆是到处漂泊，前后去过云南、四川，后来又到甘肃，因为当时甘肃最高军事长官肃庄王朱瑛是受到过建文帝关照的，于是朱允炆在甘肃也是受到了朱瑛的庇护，但是朱允炆在甘肃的消息很快传到了朱棣耳朵里，于是派人前来搜查，朱瑛被迫无奈把朱允炆转移到了青海海东市乐都区南山的瞿昙寺。这种说法都是有历史佐证的。

每年清明，杨氏家族在祭祖的时候，老人们都要讲述一个故事。故事说：明朝时，皇宫内发生内乱，杨氏先祖杨刚忠兄弟二人保护皇上逃出了皇宫，辗转来到了乐都瞿昙寺。兄弟二人害怕此事被朝廷的人知道，于是让弟弟改姓盛，以避人耳目。在乐都，杨家和盛家是一家，祭祖的时候在同一个坟头上烧纸。至今，两家不通婚。

“我小的时候，就听家族内的老人讲过杨家先祖保护皇上的故事。”杨淼林先生说，“这个故事不仅在我们杨家内部流传，乐都一带的人都知道。”长大后，翻阅史书，杨淼林先生认为这个故事的主角很有可能就是建文帝朱允炆。

为了验证这个故事的真实性，杨淼林先生曾在瞿昙寺附近的盛家庄走访，广泛收集与这个故事有关的线索。盛氏家族一位名叫盛世荣的老人为这个杨氏兄弟大义扈驾的故事，补充了这样的内容。他说：“当年皇帝遇难时，杨家兄弟二人和一个姓徐的人一同护送皇上到了乐都瞿昙寺。哥哥叫杨刚忠，弟弟改姓盛，名叫乐登。杨氏兄弟和姓徐的是结拜兄弟。”得到这个信息后，杨淼林先生又拜访了杨氏家族的老人们，他们提供了一条更清晰的线索：和杨氏兄弟一起保护皇上来青海乐都的除了姓徐的人之外，还有一个姓刚的人。他们四位是结拜兄弟。刚姓族人原来住在乐都胜番沟，现住在石嘴村。

在乐都还有一则民谣与建文帝有关。乐都籍九旬老人俞国庆说：“瞿昙寺，瞿昙寺，永乐皇上起痰死；瞿昙寺，瞿昙寺，把永乐皇上欺坦死。乐都话‘起痰’与‘瞿昙’一个音，‘欺坦’是被折磨、欺辱的意思。”这里的永乐皇上疑为建文帝。在乐都，还有许多类似的民间故事。从多本家谱的记载来看，里面有一段内容是相同的：“扈驾瞿昙”。扈驾，是指随侍帝王的车驾。

乐都《杨氏宗谱》续修于清乾隆二十九年(1764年)，当时的碾伯举人、吏部拣选知县许润为《杨氏宗谱》撰写了序文，文中有：明洪武八年，杨氏先祖刚忠公被召入内廷任职，后来随皇帝的车驾来到了瞿昙寺，之后，杨氏的先祖又做了西宁卫碾伯所的千户。其他三家的家谱中也有相同内容的记载。

杨淼林认为，为杨氏宗谱写序文的多为有功名在身的读书人，有的人还是杨氏族人，因此，宗族谱的内容可信度较高。另外，在杨氏族人杨元林家中珍藏着一幅杨氏宗派图。宗派图宽1.4米、长1.2米，是由两块宽70厘米的白布缝拼在一起的，布上又刷了桐油，上面有彩绘的人像、图案，还有文字。宗派图也叫神位图。旧时，大户人家才有宗派图。宗派图上，杨氏先祖杨刚忠身穿明朝官服、头戴官帽，从官服上的补子(明清官员服装上的胸前和背后的方形装饰，以图案的不同来区别文、武官员)来看，他应该是武官。那么，这也从另一方面证明了，杨氏先祖保护建文帝来到乐都瞿昙寺的可能性。

但朱允炆下落瞿昙寺更有利的证据就是瞿昙寺本身，瞿昙寺也被称为是“高原上的小故宫”。瞿昙寺有着鲜明汉式皇家建筑风格的寺院，瞿昙寺的规制和建筑规模完全就是按照皇家宫殿设计建造的，其中瞿昙寺隆国殿的屋顶还采用了皇家建筑元素-重檐庑殿顶，这纯粹就是一个官式宫殿，在封建社会还是在远离中原地区的西北地区怎么会出现这样的一座寺院呢？很有可能就是朱允炆当时就在这里修行！