虽然也受密教的影响，但法相宗的曼荼罗则主要是显示宗派祖师的传承。奈良兴福寺的”法相曼荼”，全图十七位祖师。

中央为传出法相唯识学的祖师——弥勒菩萨，他头戴宝冠，身穿缨络缀饰，持法杖。这种形象不似一般置于汉传寺院山门的弥勒佛，汉传的是一位胖胖的老和尚坐在天王殿中，笑面迎人，此造形为宋代布袋和尚，一直由明清沿用至今。而天冠弥勒的造形，却在与鎌仓时代相隔数百年，与大和国平城京相距数千里的清初西藏出现。

围绕着弥勒菩萨的是十六位法相宗祖师，首先是由右上方角落为始，第一行依次是无着菩萨、世亲菩萨、护法菩萨及陈那菩萨。无着、世亲两位菩萨居法相宗祖师的首两位，自是毋庸置疑。但特别的是该曼荼罗置陈那菩萨于护法菩萨之后，陈那菩萨为护法菩萨之老师，论继承次序，应先是陈那菩萨先于护法菩萨，但此曼荼罗却倒置之。陈那菩萨为护法菩萨之师，但东传的法相宗认为二人虽同为解释《唯识三十颂》的十大论师，而玄奘法师一系，以护法的解释为正宗，所以置护法菩萨在第三位，以显其为世亲菩萨学说的继承者，亦是能正确理解世亲学说的第一人。而玄奘一系法相宗，在唯识学上虽承继护法菩萨，但因明学上是以陈那菩萨为宗祖的，所以从护法菩萨以外的十大论师中，特别置陈那菩萨于第四位。

第二行为戒贤论师及玄奘三藏。戒贤论师为玄奘三藏之师，护法菩萨之弟子，固然排于第五位。玄奘三藏身穿天竺僧衣，只披上袈裟，与其弟子慈恩大师窥基的汉地衣式有所不同，他穿上汉式僧袍后才外披袈娑，三藏虽为汉人，但远渡西行天竺取经学论，故以西天僧服示人。

然后是慈恩大师（窥基）、淄洲大师（慧沼）及濮阳大师（智周）。这三位被认为是慈恩宗的初祖、二祖、三祖。一般来说，虽然瑜伽行派思想由玄奘三藏由天竺传入汉地，于大慈恩寺译出种种唯识学经典。很多学习唯识的都以为玄奘法师是唯识宗的初祖，但玄奘法师回国后，用尽余生，全力译经，无暇亲自发扬唯识义理以成宗。虽然三藏弟子众多，其中神昉、嘉尚、普光、窥基，更号称”奘门四哲”。

但日本法相宗独尊窥基为汉地初祖，他居于慈恩寺，故窥基法师又称为”慈恩大师”，法相唯识宗也被称为”慈恩宗”。而二祖慧沼，为山东淄州人，世尊称”淄州大师”，依窥基法师学习唯识，得其真传。玄奘三藏另一弟子圆测着《唯识论疏》以反驳窥基法师的观点，慧沼撰《成唯识论了义灯》破其说。三祖智周法师，二十三岁投慧沼大师门下，发扬窥基一系思想，其后住濮阳报城寺，故称”濮阳大师”。而法相宗四度东传，其中第三传的智凤及第四传的玄昉等人均受学于智周，故智周自然成为法相宗的第三祖。

由第四行第二位开始，便是日本法相宗的日僧祖师，依次是善殊僧正（或善珠僧正）、玄宾僧都、行贺僧都、基操大徳、信叡大徳、常腾僧都及真兴僧都。如上所述，法相宗东传日本共有四次，第一次的道昭等人、第二次的智通等人皆直接师事玄奘三藏及窥基，回国后在元兴寺弘扬法相之学。第四传的玄昉归国后于兴福寺弘扬唯识学。后来兴福寺兴盛而元兴寺没落，兴福寺成为日本法相宗的大本山，玄昉一系也自然成为日本法相宗的正统传承。可惜公元740年藤原广嗣在九州岛举兵，玄昉和吉备真备被指责。此叛乱迅速平息。745年玄昉被贬为筑紫观世音寺别当，不久被藤原广嗣的残余部下所杀。可能因此，兴福寺的法相曼荼罗并没有绘画玄昉为其中一位祖师。而直接以他的弟子善珠僧正为日本法相宗祖师的第一人。但在另三幅，如藏于东京根津美术馆等处的”法相曼荼罗”则绘有玄昉。

法相宗为义学之宗，其修行也是依观境空而立。故此，强调色彩形相的曼荼罗与法相宗的关系不大。但法相宗参考曼荼罗显示诸佛位置调配的特点，有意的安设法相诸祖于曼荼罗之中，这并非出于修行所需，而有两重的实际的功能：

第一、从信仰上，诸宗所用的曼荼罗为诸佛之境界，属于神圣的领域，就算不作修行工具之用，也可作为信仰对象，焚香供养，加强信念等等。

第二、选取自家祖师，确立法相正统的传承。法相一派，并非嫡传法脉，而是一师传多徒，上一代的祖师未必会指明继承人。为使自家传承为正统，绘画祖师画像于同一曼荼罗中，已明示或暗示只有该等僧侣才是此宗祖师。

在当时那样重视法脉传承的文化中，实在有必要如此。