先给个链接，需要的赶快把你的软件更新了吧。

https://github.com/oushujun/LTR_FINDER_parallel

看到标题，知道这个软件的肯定觉得非常爽，不知道这个软件干嘛的，其实可以继续不知道。

我们都知道麦类基因组转座子含量非常多，尤其是反转录转座子。详细研究转座子在麦类基因组的扩张机制，生物学功能，对理解麦类基因组演化等重要问题都有着重要意义。因此麦类基因组测序文章都会对这一部分大书特写。

当然了，研究的前提是先把转座子鉴定出来。

有一个很有名的软件叫LTR finder，很坏，这个软件可真把做麦类基因组的人坑苦了，因为这个软件开发的比较早，只适合小一点的基因组，水稻啊拟南芥啊，跑起来没问题，但是做麦类基因组分析，要想跑出来结果，毫不客气的说，比造个人都难。怀胎才十个月，这个软件要把中国春序列跑完，需要一年以上。但是，这个软件又是比较权威的软件，已经整合在很多基因组分析计划的流程里。用的时候又不能完全避开，怎么办，只能采取一个折中的办法，把我们组装好的基因组，分拆成小片段，再去分析整合到一块。

不爽这个软件久已，但是你拿他没办法！要不你自己折腾一个。

曾在github上面看到过有人向这个软件作者提问，几年过去了，这个老版软件的作者可能搞IT赚大钱去了，并不打算对这个软件进行更新。

终于有人拿出了解决问题的办法。

LTR_finder_parallel是一个非常轻量化，友好型的软件，不需要复杂的安装，下载解压缩即可，已下载亲试麦类基因组，计算速度非常给力！连参数优化什么的都已经给你选好。

这个软件的作者欧树俊博士是一个在植物基因组学领域颇有建树的年轻学者，之前的LTR_retriever软件和LAI参数评估基因组组装质量的思想都是欧博士完成的，在此对他的工作表示感谢和膜拜！膜拜地址 https://github.com/oushujun

表1. LTR_finder_parallel 软件于之前软件计算速度准确性比较，可以发现，万倍提速不是吹牛。

参考文献：

Ou S. and Jiang N. (2018). LTR_retriever: A Highly Accurate and Sensitive Program for Identification of Long Terminal Repeat Retrotransposons. Plant Physiol. 176(2): 1410-1422.

Ou S., Chen J. and Jiang N. (2018). Assessing genome assembly quality using the LTR Assembly Index (LAI). Nucleic Acids Res. gky730:https://doi.org/10.1093/nar/gky730