2023年2月15日，Journal of Genetics and Genomics在线发表华侨大学医学院柯荣秦团队题为“Improved in situ sequencing for high-resolution targeted spatial transcriptomic analysis in tissue sections”的研究论文。华侨大学医学院博士研究生汤鑫彬和硕士研究生陈嘉驭为该论文共同第一作者，柯荣秦教授和林辰副教授为共同通讯作者。该研究开发了一种能够在不同类型组织中实现高分辨率空间基因表达和细胞图谱构建的新型原位测序技术。

该研究通过改进探针设计和化学测序，开发了一种具有更高精度和效率的新型原位测序技术(IISS)，并结合细胞分割深度学习算法和细胞类型打分算法实现了组织切片的空间单细胞图谱构建。IISS技术不仅能够应用于冰冻组织切片，还可以对病理分析中常用的甲醛固定石蜡包埋组织切片样本进行深入的空间分析。例如，本研究利用IISS技术对冰冻鼠脑组织中七种典型细胞进行高分辨率空间定位，还对石蜡包埋的肠癌组织发育轨迹中的基因表达变化和配受体对进行了空间分析。在研究临床样本的组织形态时，IISS亦可实现高分辨率的空间基因表达分析。因此，IISS技术不仅可以应用于基础研究，还有望成为分子病理分析和诊断的新工具。