公元1271年，忽必烈从金与南宋手中夺得中原地区的统治权，从此成为中国大地的又一位新主人。

可是在短短的98年之后，元朝被朱元璋领导的起义推翻了，与辽、金、西夏等少数民族政权不同，末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，在中国完成了一次外来政权全身而退的“奇迹”。

而事实上，元朝的版图只算蒙古帝国的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，对于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元朝的覆灭对于蒙古帝国来说，只是损失了中国地区的领土，并不代表蒙古帝国的覆灭。元顺帝在回到蒙古高原之后依然是蒙古帝国的大汗！

而退回到蒙古高原的北元残部并没有过上平静的日子，明朝的军队依然向着蒙古高原腹地的北元残部进行了追击。而元顺帝妥欢帖睦尔也最终在1370年逝世于沙拉木伦河畔的应昌。

从1368年开始，明朝不断派兵北上袭击北元。

1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国将彻底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈。最终，明朝的大军由于战线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。

到了1378年，在明朝的不断进攻下，黄金家族的地位不断下滑，大多数的蒙古部落宣布脱离它而自立。而第三任北元皇帝脱古思帖木儿所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模。

1388年，明朝大将蓝玉率10万大军在贝尔湖南岸大败脱古思的军队。从此黄金家族失势。在随后的10年间，蒙古各部落已经否认了黄金家族的宗主权，并开始向这个传奇的家族发动进攻！

1399年，乞儿吉斯部首领贵力赤打败了最后一任北元皇帝额勒伯克，取得了统治各部的霸权。从此，蒙古帝国正式消亡，蒙古各部又重新回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。