1916年袁世凯病死，称帝闹剧结束。此时的北京大学，因为受当时多省纷纷独立，护国运动风起云涌的影响，以及其他方面的原因，乱哄哄不成样子了，在这个关键时刻，蔡元培先生接受北洋政府教育总长范源濂的邀请回国，出任北京大学校长，当时他已经49岁了，上世纪初的49岁，已经是个老头了，蔡先生不顾年事已高，决心为国家教育事业大干一番。
北京大学的前身北洋大学堂成立于1898年，随后改名为京师大学堂。民国成立后，京师大学堂又改称北京大学，学生数量增加到一千五百人。在京师大学堂时代，受清王朝教育腐败的影响，学校教育水平极差，很多老师是开后门进来的，就为拿一份国家给的薪水，上课时先发给学生一些印好的材料，然后照着读一遍就宣布下课，学生们根本学不到有用的知识。这还不算，学校风气也很不堪，每当放学以后，都有大量学校老师直接\"杀向\"八大胡同，在里面喝花酒，酒喝高了就寻衅闹事，经常大打出手，这些都成为一时的笑谈。当时妓女们都称\"两院一堂\"是最好的主顾，这里的两院指的就是北洋政府的参、众两院，\"一堂\"指的就是京师大学堂。
改名为北京大学之后，4年之间，到蔡元培已经是第四任校长，由于学校官僚习气太重，腐败问题难以解决，只能连续更换校长，蔡元培是作为\"扛炸药包的勇士\"被派去的。
蔡元培赴任之前，一些友人认为北大的问题难以解决，如赴任将有碍自己的名望，友人纷纷都劝他不要去。而孙中山却劝蔡元培迎难而上，将民主思想带到北洋军阀的心脏。蔡元培听从了孙中山的建议，毅然前往北大上任。
蔡元培到任的第一天，就用实际行动给师生们上了一堂生动的课。当时全校所有的校工们都在学校门口向新校长表示欢迎，蔡元培当场脱帽，深深鞠躬向校工们还礼，啊？哪有校长向员工学生鞠躬的道理？这一举动震惊了在场的师生，大家这才明白平等待人原来要从小事做起。此后，蔡元培大刀阔斧地进行改革，他改变了北大领导体制和学科、学制设置，创办科研机构，倡导平民教育，首行男女同校。蔡元培认为首先需要改变的是学生的求学观念和老师的教育观念。
蔡先生是清朝的进士出身，熟读过四书五经，知道传统儒家读书人求学就是为了做官，做官以后可以名利双收。而民国初年大部分学生读书的目的，也不过就是如此。他努力改变学生们的这种旧观念，教育学生应当以学术研究为重，不能将神圣的大学视为升官发财的阶梯。他还要求学生们要努力提高道德修养，完善自己的人格，做一个对国家、社会、家庭都有益的人，不能成为金钱和权力的奴隶。
进行完思想道德方面的\"软件升级\"后，蔡元培又开始提升北大的\"硬件\"。他认为学校水平如何，绝大部分取决于老师的水平，因此必须将国内最好的教师引入北大。可问题又来了，当时的中国正处于剧变的时代，各种思想、理论层出不穷，老师中既有倾向民主革命的新派人物，也有抱残守缺的旧式文人，到底引进什么倾向的人才在北大高层形成了争论。最后还是蔡元培拍板：北大一切以学术为主，政治倾向没有关系，不影响教学。
只要是具有真才实学，教学热心，有研究学问的兴趣和能力的学者，则不管国籍、资历、年龄、思想倾向，全部加以聘任。这样，诸如李大钊、陈独秀、鲁迅、胡适、刘半农、马寅初、梁漱溟、辜鸿铭等人纷纷加入北大。其中梁漱溟进入北大，更能体现蔡元培用人方面的不拘一格。梁漱溟最初想考入北大学习，却因为成绩原因而未被录取，他在上海的《东方杂志》发表了一篇讨论佛教哲学的文章《究元决疑论》，蔡元培看完后认为虽是一家之言，但水平非常高，于是决定聘请梁漱溟来北大任教，主讲印度哲学。这一年，梁漱溟年仅24岁。后来，梁漱溟在北大这个舞台上尽情施展，终成了举世闻名的大哲学家。梁漱溟欲当北大学生而不得，却一下子成了北大的教授。如此用人的魄力和慧眼，除蔡元培外，恐怕全中国也没有第二人。经过蔡元培的大力整顿，北大教师团队成为全国最年轻，也最具进取精神的队伍。当时的报纸就曾做过统计，北大九十多位教授的平均年龄仅为30多岁，其中50岁以上者仅有六人，35岁以下者居然高达四十三人，像胡适、刘半农、梁漱溟等人被聘为教授时仅有二十余岁。
蔡元培在北大期间，还开成立了各科研究所，包括文科、理科、法科、地质学、国学等等。这些研究所都被给予相当的经费，以全国学术水平最高的人领导，所以获得很丰厚的学术成果，培养出一大批优秀人才。别的不说，北大图书馆也大大有名，在李大钊的精心经营下，北大图书馆在经费有限的情况下迅速扩展，特别购买了国外大量书籍，成为全国最有名的图书馆。连毛泽东也曾经在北大担任过图书管理员，在图书馆中获得了丰富的精神食粮。毛泽东晚年说，在北大图书馆那段时间，对他一生有着极大的意义。
在蔡元培的努力下，北京大学在短短几年内成为中国数得着的高等学府，当时很多的西方记者也认为北大是最接近西方模式的大学，也是中国最有活力的大学。
蔡元培先生对北京大学的贡献之大，是近代人有目共睹的。北大校风教风学风的形成，蔡先生功不可没！1931年，梅贻琦先生在他就职演讲中提出\"所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也\"。蔡先生为北大招聘了一大批响当当的大师级的教授，形成了北大浓厚的学术氛围。
蔡元培一生热心教学，清廉自守，晚年生活贫困，连固定的住所都没有。当时继任北大校长的蒋梦麟提出要为老校长造一所\"可以住家藏书的屋\"，也被蔡元培婉言拒绝。这就是蔡先生。
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