中国历史上的神秘组织有很多，最为神秘的要数巫教，巫教最早出现于先秦的记载中，可说是中国最早的宗教；中国神话中女娲、共工、后羿等人也是巫，据传也是此教中人；先秦之后此教就消声匿迹，教义及信奉之神均不得而知，现今只有巫之一字存世，可说是史最神秘给人无限遐想的组织。

对中国文化影响最大的神秘组织就得说先秦时期的墨家，说起墨家对中国人而言可谓如雷灌耳，位列先秦百家之且名列前茅，其组织严密以兼爱非攻为其思想核心，其培养的刺客和生产的军器威振各诸侯有时甚至能影响战争走向；存世著作〈墨子〉其中有关物理学的论述更可作为中国本士物理学的鼻祖。

而要说对中国历史影响最大生命力最顽强的神秘组织非明教或摩尼教莫属，由波斯先知于公元三世纪中期创立，核心教义是"二宗三际论"，认为世界有空间和时间构成，空间由黑暗光明组成，时间分为初际、中际、后际就是过去、现在、未来。过去光明黑暗互不干扰，现在光明和黑暗纠缠在一起，未来光明一定会战胜黑暗，所以信摩尼教可得救去往明界。

这套理论可说是很有蛊惑性，但是想要传承千载还是不够，那么是什么让它千载不息的呢？

不管是宗教还是国家要想千载传承就要不断吸收新鲜血液不断进化完善自己且天时地理人和缺一不可。摩尼教创始之初就受到袄教、基督教、佛教的影响，可说是诞生之初就是混血的。

摩尼教在信教权面前提倡男女平等，武则天年间为巩固其统制地位允许在唐境内传教。这期间摩尼教主要在唐上层士族官员贵族之间传播，玄宗年间认为其教义为邪见来禁中国人参加，不久后摩尼教传入回纥被封国教。安史之乱后回纥平叛有功借此摩尼得以在唐境传教，后回纥衰落唐武宗元年摩尼教被禁遂转入地下在民间秘密传教，与本土宗教融合，自此与下层斗争联系在一起。

宋朝时的方腊起义是其与下层斗争融合的标志，经十余年斗争虽然起义失败但明教却在战争的锤炼中组织更加严密有了一批懂军事的人才。

元朝时明教发展到高峰其组织更加严密形成了以教主为主下辖左右使，四大法王及五行旗护教军等，教军的形成为反抗元朝统治及明朝的建立打下了军事基础。可以说就是在借助明教军事力量的基础上建立的，明朝建立后老朱深刻了解这些民间宗教的力量所以明教又被禁了。明教又转入地下与白莲教弥勒教融合在清朝时又发起了白莲教起义，从此与农民起义融在一起成为起义的旗帜。

明教历唐、宋、元、明、清五代而不衰生命力可谓顽强，在传教前期混血血统及与中国本土宗教的融合能力起了至关重要的作用；后期起义斗争中其严密的组织形式及护教军的形成为宗教传续起了决定性作用。在明教的千年传续中这两者缺一，即使现代也有摩尼教教徒只是比较神秘少见。