自从《南京条约》签订后，徐继畲担任福建布政使，主要负责的就是厦门和福州的对外开放，事实上，开放福州为通商口岸并不是一件让皇帝心甘情愿的事情，但是他面对英国人的威胁以及天津的掌握权，他又不得不作出这样的决定，对于皇帝的想法，徐继畲也是有所了解的，因此他承诺，会把福州建立成名义上的通商口岸。

为了实现这个目的，他先是在英国商人去武夷山的路上设立了很多关卡来刁难他们，因为这些外商来到福州主要还是想要得到武夷山的茶叶，但是难度增加了就只能去广东了，另外外商在福州售卖物品时，他暗中警告商人不要购买，当然，表面上却做出一种帮助他们的样子。

另外还有英国领事的居住地的问题，按照合约来说，领事是可以居住在城内的，但是他却玩起了文字游戏，说合约中“城邑”兼指城内城外，就这样把这些人安排到了城外一处非常荒凉的地方，后来英国驻华全权公使到福州访问，看到领事的居住条件居然如此只差，自然是不肯继续这样下去，强烈要求给领事更换居住地，一定要在城内繁华的地方。

徐继畲当面自然是同意了，私下里先是联系士绅，不许提供房子，之后还向各级政府联名请愿，想要通过民意阻止英国人居住到城内，只是后来终究还是失败了。

但是林则徐却误会当地县令糊涂，先是质问县令，之后又恐吓英国人，英国人找到了徐继畲想要得到庇护，徐继畲找到当地百姓，警告他们不得骚扰，然后还派兵巡视，而林则徐却再一次感到不满，认为他低估了英国人。

朝中大臣听说了这件事后，也感到非常不满，认为他不应该让英国人住进城内，而且居然偏袒英国人，不顾百姓，是个卖国贼。徐继畲虽然一再解释他的想法，甚至明确说明了两个英国人住进城内的原因，以及他自己针对局势的各方面考虑，还明确指出了他自己与林则徐等人的不同，但是咸丰帝却不愿意听从了，君心已失，等待他的只有两个结局，一个是自己主动辞官，一个是被罢官或者是降为虚职，用今天的话来说就是主动退休或者强制退休，徐继畲还希望等待转机，但是命运并没有眷顾他，最后他还是被革职了。

之后百余年，世人眼中徐继畲都是一种卖国贼的形象，一直到最近这些年，才承认他也是近代中国最早开眼看世界、主张“师夷长技以制夷”的著名思想家。