多尔衮颁颁布"留发不留头"的严厉剃头令后，不仅遭到了传统知识分子的抵制，也激怒了下层民众。剃发对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。"身体发肤授之父母，不可损伤"，这是千年以来的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也是一种侮辱。于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来了。

七月初一，嘉定当地的平民百姓集合了十几万人，举旗反对剃发。原先反明投清的叛将李成栋被派往镇压。一开战，李以骑兵冲击，乡兵即四散奔走，自相践踏，被打得落花流水，大败而回。初四嘉定城破，李成栋下令屠城，放部下大肆劫掠屠戮，大屠杀持续了一日，约三万人遇害，嘉定城内"浮尸满河，舟行无下篙处"。

杀戮的恐怖并未吓倒民众。李成栋一走，四散逃亡的民众又再度聚集，一位名叫朱瑛的反清义士率五十人进城，纠集民众，又一次控制了嘉定。李成栋遣部将徐元吉镇压，因嘉定居民闻风逃亡，这一次的目标主要是城郊，"数十里内，草木尽毁。积尸成丘，民间炊烟断绝。"此为嘉定第二屠。

抵抗的余波还在继续。八月二十六日，绿营把总吴之藩造反，但很快就被覆平，李成栋恼怒，嘉定也再遭浩劫，连平息吴的造反外带屠戮平民，嘉定城内外又有两万多人被杀。这是嘉定第三屠。

经过嘉定三屠，野蛮的血腥终于压制住了反抗的余波。李成栋因平定江南战绩卓著，被提拔为江南巡抚，不久又调往东南平定南明隆武朝。值得一提的是，当初李成栋降清之后，作为多铎的先头部队，充当过攻打扬州的前驱，"扬州十日"他同样有份儿。后来由于欲望得不到满足，而永历的许诺更有诱惑力，于是又反清而去，终被清军所杀。

多尔衮在北京立住脚跟的同时，在政治、经济等各方面，采取了一系列缓和民族矛盾和阶级矛盾的政策，以巩固阵地，扩大战果。

取消加派。明末"三饷"(辽饷、剿饷、练饷)数目之多，已为明朝政府正常赋税的数倍，实是明末最大的苛政。多尔衮在顺治元年十月下令，革除三饷及正税之外的一切加派。穷困已极的人民得以缓一口气。

反对贿赂。多尔衮对明末广行贿赂的恶劣之也严加斥责。顺治元年六月，他在《谕众官民》中说，"明国之所以倾覆，都是由于贿赂之风横行，以至于乱政败国，罪莫大于此。"因此，他责令："如有人行贿营私，则必不轻处，定行枭首。"

打击太监势力。明末太监势力极为猖獗，除操纵朝政外，对一般百姓迫害也非常厉害。清入关后，太监的势力仍然非常嚣张。当年七月，太监要照旧例，到京郊各县皇庄去催征钱粮。多尔衮认为这样"必致扰民"，不同意这样做。八月正式下令，不准太监下去征收，而改为地方官员征收，同时下令禁止太监参政议事。

暂时妥协，平息反抗。剃发问题是清朝统治者执行的民族压迫政策之一，早在努尔哈赤时代，汉族及其他各族人民凡是投降满洲的，都要以剃发作为标志。入京之后多尔衮很快发现，"剃头之举，民皆愤怒"。于是，在进京的当月，多尔衮就改变前令，宣布"自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便"。在剃发问题上的暂时让步，使清朝在攻下江南重颁剃发令以前，在一定程度上缓和了同北方汉族人民的矛盾。

安定边疆。顺治二年四月，清军攻占西安后，多尔衮曾下令，对嘉峪关以外的新疆地方"三十八国部落头领，投诚归顺的都安例封官封赏"。对西藏，允许茶马照旧贸易，"一切政治都依照原来进行"，"番僧"可由陕西入贡。

科举取士网罗名士。皇太极时虽然已举行过科举，但规模不大，未能成为制度。入关后，顺治三年首次开科，即录取了傅以渐等四百名进士。录取人数之多不仅明朝罕见，终清之世，除雍正八年录取了创纪录的四百零六名外，再没有超过此数的。多尔衮除了用科举、招抚等各种手段尽力收罗汉族地主知识分子参加清政权外，还经常让身边的汉宫随时推举各地的贤才。由于多尔衮重视搜求汉族统治人材，网罗名士，使大批汉族士大夫纷纷归附。多尔衮把他们当中一些最具统治才能的，安排在内院、六部等中央的重要机构中，使他们能有效地发挥治理国家的作用。

尊孔读经，提倡忠义。清入关前已开始祭孔，但未成定例。占领北京后的第二个月，多尔衮即派人祭孔，以后每年的二、八月都派大学士致祭，成为整个清代所遵奉的定例。顺治二年，尊孔子为"大成至圣文宣先师"。六月，多尔衮"亲谒先师孔子庙，行礼"，同时把儒家著作"四书五经"奉为经典，列为士子必读之书，科举考试的八股文即以之命题。又提倡忠孝节义，把关羽作为忠君的最高典范来崇拜。自顺治二年起，每年五月十三日即"遣官祭关圣帝君"。