自从“九一八事变”爆发之后，故宫的专家们就担心，日本人肯定不会满足于吞并东北，很快就会挥师南下威胁平津，而北京一旦失陷，故宫的文物必将遭受劫难，为了文物的安全，大家一致决定找个安全的地方保存。但是在当时，北京的民众是极力反对文物南迁的，他们认为“南迁就是逃跑”，就是放弃北京，连胡适也认为，日本人不敢在众目睽睽之下抢夺文物。对此，故宫博物院的馆长马衡，顶住巨大的压力决定南迁。

1933年2月5日，第一批文物趁着夜色运往南京，但南京无处存放，在火车上放了将近一个月，被戏称为“抬着棺材找坟地”。最终，在上海的法租界找到一家教堂，成为文物的暂时保管地。1936年8月，南京的朝天宫库房建设完成，上海的文物也分批运到南京。然而还不到一年“淞沪会战”爆发，日军占领上海直逼南京。文物再次被迫“西迁”，刚运走10天，南京陷落。

1938年，文物运至乐山，还需要要转驳至安谷乡存放，由小木船接运。因为是逆水行舟，岸上必须要纤夫拉船，结果有一次运输过程中，纤绳断了，船随波逐流，连掌舵人都控制不了。顺流而下的小船疾驰如飞，若冲到下游，就会撞沉在大佛脚下，吓得船上的人大呼救命。没想到船飘了一段时间后，竟然自己靠边停了，人和文物都得救了。1938年8月19日，日军36架轰炸机轰炸乐山，半个城几乎毁于战火，死伤数千人，可是存放的文物居然毫发无损。用马衡的话说：“这一类的奇迹，真是没法解释！”看来都说古物有灵，还真是在冥冥之中保护着他们呢！

1941年8月，日军再次轰炸乐山，文物又躲过一劫，后来一直存放在峨眉县城到1943年。这一年，文物再次开始迁移，1943年6月8日，大批文物已经运走，但是还剩几千箱没来得及运输。一个抽鸦片的瘾君子不小心点燃稻草，引燃了隔壁的油铺，熊熊大火冲着文物的库房烧来。当时又没有自来水，水枪也排不上用场，为了阻断大火蔓延，只能拆掉附近草房子。可是拆谁家的房子，谁就苦苦哀求不让拆，还是办事处主任那志良出面，承诺灭火之后给于赔偿，才让文物又免遭一劫。

从1933年开始迁移，故宫16727箱文物，分三条路线，经历南迁、西上、东归、北运以及迁台，在路上走了16年，等到抗战胜利之后再次清点，发现几乎没有损毁，也没有遗失，堪称文物史上的奇迹。

值得一提的是，马衡作为大功臣，他不仅主持了文物的迁移，而且在建国之前，他拒绝了蒋介石把国宝送到台湾的要求，给大陆留下大量宝贵的财富。