罗贯中《三国演义》作品中有一段关于华佗之死的章节，曹操害了头痛病，久治不愈，最后有人推荐了华佗。华佗诊断后对曹操说：“大王之所以头脑疼痛，是因为患了风病。病根在头脑里，风涎出不来，就算服汤药没用。我有个治疗风病的方法：须先饮麻肺汤（麻醉剂），然后用锐斧砍开脑壳，然后取出风涎，就可以除掉病根。”

曹操生性多疑，一听大怒道：“你这不是要杀我吗！”华佗曰：“大王应该听说我为关公胳膊中了毒箭的事吧，我为他刮骨疗毒，他一点也不害怕；比起您的这病算不了什么，为什么这么多疑呢？”曹操说：“胳膊痛可以刮，脑袋怎么能砍开？你一定与关公有私情，就是想趁治病的机会来报仇的吧！”便叫左右把华佗抓进了狱中。

监狱中有个姓吴的狱卒，人称“吴押狱”。他早闻华佗是个名医很是敬重，于是每天拿酒食给华佗吃。华佗为了感激他，和他说：“我快死了，遗憾的是我平生所写的那本《青囊书》还没有传到世上。现在你对我如此深情厚意，无以报答；现在我写一封书信，你可遣人去我家，取来《青囊书》，我把他赠送给你，然后你就可以继承我的医术了。”

吴押狱非常高兴地说：“我如果真的得了这本书，差使也就不干了，我也学您去医治天下病人，让先生的医德继续流传。”华佗写好书信交给吴押狱。吴押狱到了金城，拿到了《青囊书》，华佗翻看了后就把书赠给了他。十天之后，华佗死在了狱中。

吴押狱买棺葬了华佗，便辞了差役回家，到了家门口大吃一惊，只见他的妻子正在焚烧那华佗馈赠的那本医书。他从妻子手上抢夺过来，遗憾的是全书已被烧毁，仅剩最后一两页。吴押狱生气的怒骂他的妻子。他的妻子说：“就算你学得与华佗一样神奇的医术，又能如何？华佗还不是被害死在大牢之中，学它何用呢！”吴押狱唯有无奈的长叹。

就这样《青囊书》没有流传下来，后世所传的一些阉鸡、猪的小医术，据说是《青囊书》烧剩下的残页中所记载的。

另外传说华佗被曹操关押起来准备杀害时，华佗临死前把《青囊书》留给一个狱吏，狱吏胆小不敢收，华佗就自己把它烧掉了。