文件系统往往根据存储设备类型、存取要求、记录使用频度和存储空间容量等因素提供若干种文件存储结构。用户看到的是逻辑文件，处理的是逻辑记录，按照逻辑文件形式去存储、检索和加工有关的文件信息，也就是说数据的逻辑结构和组织是面向应用程序的。

然而，这种逻辑上的文件总得以不同方式保存到物理存储设备的存储介质上去，所以，文件的物理结构和组织是指逻辑文件在物理存储空间中的存放方法和组织关系。

文件可以按各种方法进行分类。按文件性质和用途分为：系统文件（由操作系统核心和各种系统应用程序和数据组成的文件）、用户文件（用户文件是用户委托文件系统保存的文件。这类文件只由文件的所有者或所有者授权的用户才能使用）、库文件（标准子程序及常用应用程序组成的文件，允许用户使用但不能修改）。