公元26年，刘秀称帝的第二年，就重新设置了太傅，并让一位名儒担当此职。

这并不因为他有多爱儒生，而是想加强对儒生的控制。他很明白，自西汉宣帝、元帝之后，儒家知识分子群体已然掌握了对国家政权合法性—“道统”的解释权，而自己获取的仅仅是国家机器—“治统”，“治统”必须获得“道统”的认可，才能够获取合法性，进而绵延传承后世。

为了收拢知识分子，刘秀选择了谶纬之学。与其他儒学派别不同，谈论怪力乱神的谶纬之学对社会的批判性严重降低，朝廷正好可以借其为自己的“治统”正名，同时也少了许多知识分子借抨击时政而捣乱的忧虑。

刘秀本人的学术造诣相当有限，他对儒学的热爱也与学术无关，而是热衷于用谶纬搞迷信。在确定重要官职的人选上，他往往依据的就是谶文。王梁和孙咸只因与谶言里的人名相吻合，就被他破格提拔，做了大官。他在行军打仗的间隙，也热爱阅读河图洛书之类算命卜卦的鬼神之书。对敢非议谶纬的臣下，则一律严厉处罚，或长期不加重用。

大儒郑兴与他谈论关于郊祀的事时，刘秀问：“用谶纬来决定用哪套方案好不好？”郑兴回答：“臣不为谶。”刘秀当场翻脸，逼问郑兴：“你不为谶，难不成你是反对谶？！”郑兴不得不诚惶诚恐地再三解释：“臣只是没有学会谶纬之术，完全没有反对的意思。”郑兴最终仍然因为不懂谶纬而未获重用。

刘秀利用皇权，竭尽全力向社会各个阶层灌输谶纬知识，维护谶纬的政治地位。这直接导致谶纬在东汉初年的普及，并在社会中造成极为深远的影响。准备了30年，到了公元56年，刘秀终于下诏，“宣布图谶于天下”。此后，以河图洛书为首的81篇谶纬经典取得了近乎国教的地位，朝廷也由此彻底垄断了对谶纬的解释权，并严厉控制任何私造谶纬的行为。刘秀对思想领域的统治，达到了一个新的高度。

不过，刘秀仍然不能放心。他又大力兴建太学、优待学者、修订典籍，同时推崇私学。效果似乎非常显著：到了东汉后期，每万人中即有太学生六人，社会上还出现了大批几代人专门攻研一部经书的士大夫家族，即便到了汉末乱世，民众颠沛流离，讲授《左传》的颍容避难荆州，竟还能“聚徒千余人”。

整个社会看起来处于一种全民爱学习的良好气氛之中。但是，因为这是以学习被迷信化了的谶纬儒学为前提的，无论官学还是私学，都以教授毫无价值的迷信内容为主，所以，培养出来的大部分人才，都无法成为真正的“儒家知识分子”，甚至只能被称作“方士”。

更可怕的是，到了东汉中后期，许多学者已然演变成为有权威的“学阀”，希声附光者日益增多。东汉末年的党锢之祸之所以株连如此之广，正是因为朝廷和宦官集团所面对的是一个个的学阀集团，而不像西汉时期，面对的是一个个具体的儒家知识分子，易于铲除。这种情势，决定了朝廷和宦官不得不对学阀集团采取株连政策，由此也就造就了党锢之祸，即东汉灭亡的伏笔。

当乱世到来时，“学阀”终于演变成了军阀。最众所周知的例子就是袁绍。他的七世祖以学《易经》起家，西汉时为太子舍人，学术传于其孙，其孙举孝廉，做过郡太守、司空、司徒。此后，袁家子孙均为东汉显官。袁绍本人也曾担任司隶校尉。袁氏四世三公，门生故吏遍布天下。到了董卓之乱，袁氏家族旧有的学阀资源，便成为其蜕变为军阀的最重要的凭藉。

刘秀为了给自己的“治统”增加合法性，选择了一条诡异的道路，最后虽然成功收服了“道统”，却给自己的子孙种下了亡国之因，也给后世的政治游戏带来了无尽的麻烦，成为中国传统政治中永肃不清的流毒。