谢绝了谢石的挽留后，朱序返回前秦军中，静待时机。公元383年十一月，谢玄派广陵相刘牢之率领五千精兵开赴洛涧，主动对驻守在洛涧的前秦军队发起进攻，取得洛涧大捷，斩杀秦将梁成及弋阳太守王咏。此一役，秦军溃不成军，共折损十名大将及五万主力，损失惨重。

在洛涧被晋军偷袭的，正是前秦的先头部队。此次秦军大败，不但令兵士们士气大大受挫，亦令一向骄傲的苻坚信心有所动摇。当他得知晋军正在向寿阳前进时，便与苻融亲自登上寿阳城头，观察晋军动向。

远远望去，只见驻扎在对岸的晋军，将领指挥有方，士兵训练有素，队形排列整齐，江上战船密布。苻坚此刻方才惊觉，晋军绝非自己想象的那般不堪一击。他又将目光投向北面长满草木的八公山，这时正巧一阵风吹过，引起草木晃动，看上去就像无数士兵在活动。苻坚惊惧不已，对苻融道：“此亦劲敌也，何谓少乎？”

洛涧大捷后，晋军士气大振，刘牢之乘胜而进，迅速派兵阻绝了淮河渡口，歼灭前秦军队一万五千余人，并俘获了扬州刺史王显等前秦官员。自此，前秦军队出兵以来节节胜利的势头终于得到有效遏制，而晋军则从战争爆发初期的守势，渐渐转为攻势，胜利的天平，开始朝着东晋一方逐渐倾斜。

十二月，晋军主力西行至淝水，与秦军隔水对峙。谢玄派出使节面见苻融，称两军如果不能速战速决，而是一直这样拖延下去，时间久了，对深入晋地的秦军更为不利。如果秦军能够后退让出一块地方，使晋军得以渡过淝水，两军便可迅速决一胜负。

对谢玄提出的这个建议，前秦将领们纷纷表示反对，认为我众敌寡，将晋军遏制在淝水对岸，使其无法渡河，方是万全之策。但苻坚却认为，应该允许晋军渡河，趁其半渡之时队形混乱，再主动出击，这样秦军必胜。苻融也同意苻坚的观点，于是秦军开始后移。

一直隐于秦军阵后的朱序，终于等来了他想要的时机。趁着秦军后移之时，他突然在秦军阵后高声喊道：“秦军败了！”秦军顿时阵脚大乱，随后晋军全力出击，大败秦军。苻融战死，苻坚中箭，率领残兵逃往淮北。

一路上，秦军日夜奔逃，饥寒交迫，心惊胆战，甚至于把风声及鹤鸣都当成了仍在后面穷追不舍的晋军。当他们终于逃回北方时，被歼灭和在途中逃散的前秦军队已达七十多万，百万大军十停去了七八停。自此，前秦一蹶不振，苻坚统一南北的希望彻底破灭，之前北方暂时统一的局面也随之解体，再次分裂成更多的少数民族地方政权。而东晋则乘胜北伐，收回黄河以南的大片故土。

秦军溃败之时，朱序趁乱回到东晋，结束了自己的四年特工生涯。凭借在淝水之战中立下的不世之功，他被东晋朝廷封为龙骧将军，后历任琅邪内史、豫州刺史等，屯兵洛阳。在随后的几年中，他继续着自己的戎马生涯，击败叛将翟辽，大破西燕皇帝慕容永，屡立战功。

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