日本人的起源一直是是学术界猜测比较多的，按学术界的推测大约是新石器时期日本才有人类的出现。最早是北方大陆移民过来的通古斯人，之后马来人才从南方渡海过来，在公元前一千多年，中国和朝鲜人开始移民到日本。
其次，历史学家普遍认为，徐福的东渡学说更为合理。从历史上看，徐福带着3000名男孩和女孩到海里走了几十英里，对秦始皇的任务弃之不理，9年未归。从那以后，人们说徐福已经定居在日本岛上，成了皇帝。
目前的研究表明，现代日本人由绳文人与弥生人混血的成的。绳文人是第一批来到日本的人，属于矮黑人种，即原住民。日本的土著是阿伊努人，他们在公元前300年左右蜂拥到日本岛屿，其身体特征与邻近的朝鲜人和中国人相似。
公元前300年左右，中国处于战国末期，许多国家出国避难。秦人去重建国家并不是不可能的，因为徐福出海的时间恰逢那个时期。此外，日本有徐福墓。日本人每年都去靖国神社献祭徐福的坟墓来祭祀这个祖先。
另一个论点是，日本的祖先是武大郎。据说潘金莲和西门庆被毒害后，武大郎被扔进了黄河。谁知道他的命运？他在广阔的海洋中被一只大海龟救起。他去了日本岛，看到岛上到处都是一些个头不高的人。武大郎的威猛高大帅气成为了岛上人们崇拜的对象。获得声望之后，他成为日本的首领，日本迎来了繁荣。
目前，学术界承认日本人是由来自东亚大陆的弥生人和绳文人组成的，他们都属于黄种人。虽然日本有少数民族，但其大部分是大和民族。
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