刘秀定都洛阳任命杜诗安抚洛阳的黎民百姓，很快洛阳就繁荣起来了。刘盆子和赤眉军在长安，因为得不到关中豪强地主和人民的支持，所以，没有粮食吃。军队一没有粮食，军纪就败坏了。皇帝不差饥饿兵，连温饱都解决不了的时候，你还要求人有什么崇高的理想，有什么道德？所以士兵四处抢掠。关中人民觉得赤眉军还不如更始政权。关中百姓也是非常悲催了，在大汉统治下觉得日子不好，王莽来了不如大汉，更始来了不如王莽，把更始推翻赤眉军来了还不如更始。等于是一个不如一个。所以他们有人就计划把刘玄救出来重建更始政权，赶走赤眉军。

赤眉军首领樊崇知道这个事以后很焦急。不过樊崇还不是最焦急的，王匡和张昂比他还焦急，这俩原来是更始政权的大将，归顺了赤眉军，而且当时在金殿之上是这俩极力鼓动要杀掉更始皇帝。所以这俩更害怕。一旦更始皇帝要复辟肯定这哥俩先得掉脑袋，于是这俩人三天两头鼓动樊崇杀了刘玄以绝后患。说了几天樊崇就同意了，因为樊崇跟刘玄又没什么感情，也怕刘玄反攻倒算就同意了。派谢禄勒死刘玄，尸体就扔到荒郊野外的草堆里边，替刘玄接洽投降的刘恭也就是赤眉军拥立的小皇帝刘盆子的哥哥非常难过，看到故主的尸体被扔到了荒郊野外，就怕他的尸体被动物啃食，冒着生命危险把他的尸体找回来就地挖了个坑把刘玄埋葬了

。刘玄甭管怎么说是正根的汉室宗亲，当了两年多的皇帝，结局却落了个如此下场，所以大家都很同情他，觉得他并无大过，命不该此。刘秀知道这件事之后，念及同为刘氏子弟，然后就发布檄文斥责赤眉军，做事太过于残忍，并且让负责进攻关中的邓禹去收殓刘玄的尸骨，然后把他埋葬在汉文帝的霸陵，此外刘秀下诏把刘玄留在南阳的三个儿子封为列侯。刘秀这么做关中百姓就都知道了，关中百姓知道之后纷纷称赞刘秀是仁义之君，对赤眉军也就更加憎恨。