内阁的设立从根本上说属于非程序化权力，内阁权力的大小完全依赖于皇帝的需要与调节，“阁权就其权力性质而言，完全附属于皇权。阁权只有通过皇权的批准或与皇权相结合才会具有政治功能。”就是说只有当内阁阁臣发挥的作用能达到皇帝的目的跟要求时才能发挥它的作用。

在中国古代专制体制下，王言即为法，任何制度都须服从于皇权之下。制度只是“故事”，而不是必须强制执行的法律条文，对皇帝来说，更没有约束力。皇帝可以凭自己的喜好对现行制度进行取舍，而当他违反制度的时候，虽然会遭到廷臣的反对和抵制，却不会受到任何制裁。并且皇帝还有超越制度行使权力的种种手段。皇帝可以通过“中旨”、“内批”，不经过内阁直接向外廷发号施令，使票拟之权落空，虽然这些做法都是“违制”行为，会遭到廷臣的反对，但皇帝仍经常采用。因而无论是内阁的票拟还是廷议廷推，如果没有皇帝的批准都得不到施行，皇帝仍掌握着最终的决策权。

内阁的票拟，本质上是“代王言”，即根据皇帝的旨意起草诏旨。嘉隆万时期的皇帝鲜与阁臣见面，时常通过书面或太监口传指示内阁票拟。“凡本章进御，固由内阁票拟，或因事降旨，不召阁臣面谕，则令司礼监粗写事目，送阁撰拟。”“入阁办事者，职在批答。……而批答之意，又必内授之而后拟之。”然而票拟权不等同于决策权。内阁参与决策，却不享有最后的定夺大权。

朱批是皇帝权力的象征，任何票拟的结果没有经过这最后一道程序无异于一张白纸。阁票若合帝意，即由司礼监批红发下。皇帝如不满意，可发回重拟，直至皇帝满意为止，或者径自改易，皇帝对于票拟不合意者，也不发下内阁重票而是自己径自改易。甚全还有御票。据明人范守己说:臣于徐少师阶处，盖捧读世庙谕札及改定旨草。云人尝谓辅臣拟旨，凡于擅国柄，乃不然。见其所拟，帝一一省览窜定，有不留数字者，虽全当帝心，也必更易数字以示明断。有不符意，则驳使再拟。再不符意，则谯让随之矣。故阁臣无不惴惴惧者。

皇帝对于不合己意的阁票还可以迁延不睬，不予批红，“或稽留数月，或竟不施行。”阁臣都无可奈何。正德十六年(1521)四月二十二日世宗宣布即皇帝位，发布即位诏书。三天后即遣使到安陆接取生母蒋氏，召旧臣费宏人阁。再过两天，就迫不及待地命令杨廷和等内阁阁臣拟救尊自己的亲生父母为兴献皇帝、皇太后的事。就兴献王尊号的问题引起了明代历史上著名的“大礼议之争”以杨廷和为首的内阁为了维护封建伦理纲常制度的权威性，先后多次封还圣谕。史载杨廷和“召对面言不可者三，封还御批者四，执奏三十余次”杨廷和等屡屡拒绝草救，恰在此时新科进士张媳提出了与杨廷和所定的议礼格调不同的声音。

议礼之初，以内阁首辅杨廷和为首的内阁以及一批朝廷官员就为“大礼议”定了调子。杨廷和指出“汉定陶王、宋澄王事授尚书毛澄口:‘是足为据，宜尊孝宗日皇考，称献王为皇叔考兴国大王，母妃为皇叔母兴国太妃，自称侄皇帝名，别立兴王次子崇仁王为兴王，奉献王祀。有异议者即奸邪，当斩。’”张媳认为:廷议执汉定陶、宋淮王故事，”谓为人后者为之子，不得顾私亲。“但”夫天下岂有无父母之国哉!《记》日:‘礼非天降，非地出，人情而已’，汉哀帝、宋英宗固定陶、濮王子，然成帝、仁宗皆预立为嗣，养之宫中，其为人后之义甚明。故师丹、司马光之论行于彼一时则可。今武宗无嗣，大臣遵《祖训》，以陛下伦序当立而迎立之。遗诏直日:兴献王长子，未尝著为人后之义。则陛下之兴，实可以承祖宗之统，与预立为嗣养之宫中者较然不同。议者谓孝庙德泽在人，不可无后。假令圣考尚存，嗣位今日，恐弟亦无后兄之义。……

史载世宗皇帝看到张媳的奏疏，欣喜形于颜色。七月十五日，朱厚熄拿着他批示礼部所奏覆“皇考”称号的奏文，特地在文华殿召见杨廷和等说:“至亲莫若父母，其善体肤意!”杨廷和等当时没有回答，告退后就上奏说:“札，为人后者为之子，不得顾其私!”最后说:“此国家典礼，关系至重，“臣等因不敢阿谈顺旨。”杨廷和的奏疏送达朱厚熄面前，予以“留中”，不给回答。

《明史》还云:世宗初，“中官请遣官督织造。工部及给事、御史言之，皆不听，趣内阁撰救。廷和等不奉命，因极言民困财竭，请毋遣。”因杨廷和等屡屡拒绝草救，世宗不久就将反对议礼的阁臣全数逐去。而后不经内阁草救命吏部尚书兼翰林学士石珐兼文渊阁大学士，入阁办事。命吏部左侍郎贾泳兼翰林院学士，先到内阁专管浩救，接着升任他做礼部尚书兼文渊阁大学士在内阁办事。此时的内阁首辅是世宗的旧臣费宏，这样就世宗皇帝就将内阁完全控制在了自己的手中，内阁一定程度上就成了皇帝的御用秘书机构。