1939年8月23日，苏德签订《苏德互不侵犯条约》。

拉脱维亚和爱沙尼亚被纳入苏联的势力范围。9月28日，苏德两国签订有关友好和边界的条约，立陶宛转入苏联势力范围。

苏联从德国那里获得承诺后，立即着手兼并波罗的海三国。波罗的海三国极为担忧。

苏联驻里加（拉脱维亚首都）全权代表向莫斯科当局报告说：“里宾特洛甫到莫斯科签订条约一事，首先引起了各界的警惕，害怕苏德勾结……瓜分波兰和波罗的海三国。”

莫洛托夫连忙否认与德国有瓜分势力范围的任何协议，并指望与波罗的海国家签订互助条约，同时要求获得军队进驻权。

9月19日，苏联借口波兰“鹰”号潜艇事件向爱沙尼亚施加压力，声称苏联将不承认爱沙尼亚对其沿海水域拥有主权，它的安全将由苏联来保卫。为了解除危机，爱沙尼亚外长率团赴莫斯科，请求和解。

莫斯科当局趁机要求签订互助条约，并递交了苏方拟定的互助条约和议定书草案。莫洛托夫威胁说：“如果你们不想和我们签订互助条约，那么我们将不得不通过其他途径，也许是更严峻、更复杂的途径来保障我国的安全，请你们不要迫使我们对爱沙尼亚使用武力。”

莫斯科当局为迫使爱沙尼亚政府就范，不断派出飞机在爱沙尼亚领空示威。

9月26日，苏联国防人民委员伏罗希洛夫命令苏军：“立即开始在爱沙尼亚和拉脱维亚边境集结兵力，并于9月29日完成这一行动。要求列宁格勒军区对爱沙尼亚实施强大而坚决的突击。”

在苏联的强大压力下，9月27日，爱沙尼亚政府决定接受缔约建议。外长奉命再次飞赴莫斯科。在谈判过程中，苏联又以“保卫苏联在爱沙尼亚港口的海军基地和保证爱沙尼亚安定”为由，向爱沙尼亚政府提出了驻军3.5万人的新要求，并责成爱沙尼亚方面立即做出答复。

爱沙尼亚政府经受不住苏联的步步紧逼，被迫接受了苏联提出的所有要求，双方于9月28日，也就是苏德有关友好和边界的条约签订的那一天，签订了《苏爱互助条约》及其秘密议定书。但是，秘密议定书对苏联驻爱军队人数、时机做了明确规定：入驻须在欧洲战争期间，人数不得超过2.5万。苏联成功地迫使一个主权国家签订了类似《辛丑条约》的不平等条约。